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RStudio 推出下一代 R Markdown

作者:admin 浏览量:14 来源:本站 时间:2023-02-05 21:10:03

信息摘要:

R Markdown一直是 R 生态系统中更引人注目的方面之一,它可以轻松地将 R 代码的结果与文本结合起来,以在可重现的工作流程中用数据讲述故事。此外,R Markdown 文件可以导出为多种格式——Word、HTML、PDF、PowerPoint 等。您甚至可以导出完整的书籍和网站。但是 R Markdown 已经存在了 10 年。随着通过外部 R 包添加更多功

R Markdown一直是 R 生态系统中更引人注目的方面之一,它可以轻松地将 R 代码的结果与文本结合起来,以在可重现的工作流程中用数据讲述故事。此外,R Markdown 文件可以导出为多种格式——Word、HTML、PDF、PowerPoint 等。您甚至可以导出完整的书籍和网站。

但是 R Markdown 已经存在了 10 年。随着通过外部 R 包添加更多功能,基本任务的语法变得不一致,具体取决于输出是独立的 HTML 文档、HTML 幻灯片演示还是其他内容。此外,虽然您可以在 R Markdown 代码块中运行 R 之外的其他语言,但它仍然从根本上为 R 构建。

这是 RStudio 开发Quarto的两个原因,Quarto 是下一代类似 R Markdown 的发布系统。Quarto 是开源的,它对 Python、Julia、Observable JavaScript 和 Jupyter notebooks 和 R 一样友好。它不是特定于语言的库,而是外部软件应用程序。

经过几个月的试运行,Quarto 成为今年 7 月下旬 RStudio 大会的主题。 

为什么要为 Quarto 烦恼?

如果您使用不止一种语言,或者您在一个多语言团队中,您可能会发现 Quarto 对多种语言的本地支持很有吸引力。“高度内部一致性”是另一个吸引力,因为相同的语法将适用于更多的语言和格式。 

“Quarto 支持跨编码语言的协作,”Openscapes 的创始人兼联合总监 Julia Stewart Lowndes 在 RStudio 会议主题演讲中说。Openscapes作为早期 Quarto beta 测试人员与 NASA 合作,发现 Quarto 使 Python 和 R 用户更容易一起工作,她说。

但最有趣的好处之一是在未来。RStudio 创始人兼首席执行官 JJ Allaire 设想了基于云的 Quarto 文档协作,其工作方式与 Google Docs 现在的编辑方式相同——无缝且用户无需明确使用 Git 等外部版本控制工具。不过,Allaire 强调,这一功能并非迫在眉睫。 

不过,就目前而言,Quarto 被设计为在 Visual Studio Code 和 Jupyter 中与在 RStudio 中同样出色地工作,该公司希望这将更有可能在非 R 用户的团队中采用。事实上,那些主要从事文本工作且代码很少的人可以使用纯文本编辑器来处理 Quarto 文档;呈现的 HTML 文档可以在浏览器中预览。

Allaire 认为 Quarto 最大的优势之一是协助编写 YAML,该语言用于 R Markdown 和 Quarto 文档标题信息。YAML 对于在哪里放置冒号、逗号和缩进可能非常挑剔。它几乎就像它自己的编程语言,但没有 IDE 和错误检查的优势。Quarto 编辑器具有内置的 YAML 支持。它还旨在在您尝试呈现文档并发现它不起作用之前突出显示错误。

由于 Quarto 是开源的,其他人可以通过编写扩展来为其功能做出贡献。Quarto 开发团队已经提供了几个 Quarto 扩展。

另一个潜在优势,取决于您的需要:您可以导出 40 多种不同文件格式的 Quarto 文档,包括 Word、OpenOffice、PowerPoint、ePub、Jira Wiki、Jupyter、Observable JS、完整的网站和电子书。R Markdown 可以生成其中的一些,但不是全部。

还有一些有用的转换功能,例如在 .ipynb Jupyter 笔记本和任何文本编辑器都可以读取的 .qmd Quarto 文档之间进行转换。

最后,虽然 R Markdown 将得到维护和更新,“[RStudio] 可能不会尝试将 Quarto 功能反向移植到 R Markdown 中(除非它相当简单并且不费吹灰之力),”RStudio 工程师Yihui Xie 在博客文章中写道。换句话说,酷炫的新功能更有可能出现在 Quarto 中。

然而,Quarto并不意味着 R Markdown 的终结。“请放心,#rmarkdown 不会消失:我们会继续努力!如果不需要,则无需切换#rstats,” RStudio 的软件工程师Christophe Dervieux在推特上写道。事实上,您从 R Markdown 了解到的大部分内容可能都可以在 Quarto 中使用。并且,Quarto 将呈现 R Markdown 文档。

Quarto 与 R Markdown 有何不同?

与作为R 包的 R Markdown 不同,Quarto 是一个独立的非 R 应用程序。因此,为了使用 Quarto,您可能首先需要像下载任何其他软件一样下载并安装它,在本例中是从quarto.org“开始使用”页面。Quarto 当前包含在 RStudio IDE 版本 RStudio v2022.07.1 或更高版本中。

对于 Visual Studio Code,安装 Quarto 和VS Code Quarto 扩展。Quarto 还适用于 Jupyter Lab 和任何文本编辑器

如果您以前使用过 R Markdown,Quarto 文档看起来会很眼熟。有一个带有标题、作者和输出格式的 YAML 标头。文本使用大量通用降价,例如标题的井号和超链接文本的方括号/圆括号语法:[linked text](https://theurl.com)。两者都使用三个反引号来描述代码块的开始和结束。 

旧版 R Markdown 和 Quarto 之间最大的区别之一是如何为代码块设置选项。在 R Markdown 中,特定于块的选项通常放在定义块的大括号内,例如

```{r chunk_name, echo=FALSE, warning=FALSE}
code here
```

这将创建一个名为chunk_name的 R 代码块 ,它将被执行,但代码本身不会显示在呈现的文档中。代码可能生成的任何警告消息都不会出现。

在 Quarto 中,块选项位于花括号下方。每个选项单独占一行,前面有井号和垂直字符,例如

``` 
{r} 
#| label: chunk_name
#| echo: false 
#| warning: false
```

这种“哈希管道”块选项格式现在也适用于 R Markdown 文档。

如果您想尝试发布公共 Quarto HTML 文档,RStudio 推出了一个免费网站  https://quartopub.com,类似于其 用于 R Markdown 文档的旧RPubs 。


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